Историята на манастир Св. Архангел Михаил датира от десети век, когато един бивш ученик на Св. Климент Охридски идва на този хълм, за да създаде църква. Името на този ученик не е известно.
Първоначалната църква е основана на място, където се намират стари антични мраморни колони, които са послужили като основа за изграждане на сградата (върху една от тях, археолози са открили надписи на кирилица от 996 години (това са вторите най-стари надписи, намерени в Македония).
Първоначалната църква, посветена на Свети Никола, в последствие е била разрушена и построена наново, многократно между XI-ти и XIII-ти век. Единствените останки от този период са на южната стена, стенописите и тунела на манастира, датиращи от XII-ти век.
През XII-ти век, църквата е възстановена и посветена на Свети Архангел Михаил. Само част от оригиналната сграда е запазена, докато останалата част от манастира е реконструирана изцяло, напълно в стила на времето.
След това църквата е ремонтирана поради много причини, главната от които изграждането и разширяването на жилищната част в манастира (между 1861г. и 1862г.).
От 1998г., пет сестри живеят в манастира, съхранявайки живота на това място.