Археологическият музей в Созопол се намира в старата част на града. Музеят проследява история и хилядолетната кутлурна традиция на града от края на шести век преди Христа до седемнадесети век. Музеят е структуриран в две направления: археология и християнско изкуство (XVII - XIX век).
В музея се съхранява алабастрово ковчеже, в което са положени мощите на св. Йоан Предтеча и малката кутия, с надпис на гръцки език, която разказва за пътя на мощите до остров Свети Иван. Те са били открити през 2010г. при археологически разкопки на острова.
Днес мощите се съхраняват в църквата Свети Свети Кирил и Методий.