Църквата – костница в Батак е превърната в музей, както и в пряк свидетел на историческите събития случили се в нея – избиването на жителите на малкото градче от башибозуците през 1876г. След освобождението на България през 1878г., църквата „Света Неделя“ се изполва за богослужение, там могат да се видят костите на загиналите в Баташкото клане.
През 1977г., църквата е обявена за национален исторически паметник на културата.