Разположено на десния бряг на река Крупайска, Крупайско ждрело е водно корито на подземна река, чиято температура не надвишава 11 °С. Покривайки площ от 300 квадратни метра и с полукръгла форма, този кладенец (сеноте) изглежда като езеро, поради изграждането на язовири, които предоставят място на красиви водопади.
Спелеологичните изследвания са показали съществуването на пещера на 70 метра дълбочина под този кладенец.
Всички пещери и кладенци (сеноте) са квалифицирани като природен феномен и са обект на специална защита.