La crypte est la partie de la cave de la cathédrale St Alexander Nevski, construite au début pour les tombes des évêques et des personnages religieux importants. Mais depuis 1965, la crypte est un musée, qui appartient à la galerie nationale d’art, et expose des œuvres d’art religieux. Elle a la collection la plus étendue d’icônes orthodoxes de toute l’Europe. L’espace architectural est très beau, avec des grandes colonnes qui supportent le poids de la cathédrale, et s’intègrent parfaitement au sein de l'ensemble. Les plus vieilles œuvres sont les céramiques de Preslav, du 10ème siècle et vont jusqu’au 19ème siècle, tandis que les plus grandes sont le Conseil de l’archange du monastère de Bachkovski. Elle est connue pour être la plus importante de Bulgarie.