L’histoire du monastère de l'Archange Saint Michel remonte au Xe siècle quand un ancien disciple de St Clément d’Ohrid est venu sur cette colline pour y fonder une église. Nous ne connaissons pas le nom de ce disciple.
L’église d’origine aurait-été fondée là ou se situaient d’anciennes colonnes de marbre antique qui ont servis de base lors de la construction du bâtiment (sur l’une d’elle les archéologues ont découvert des inscriptions en cyrillique datant de l’an 996 (ce sont les deuxièmes inscriptions les plus anciennes retrouvée en Macédoine).
L’église originelle consacrée à Saint Nicolas, a ensuite été détruite puis reconstruite de nombreuses fois entre le XIe et le XIIIe siècle. Les seuls vestiges de cette période sont le mur sud et ces fresques ainsi que le tunnel du monastère qui datent du XIIe siècle.
Au XIIe siècle, l’église est reconstruite et elle est consacrée à l’Archange Saint Michel. Seul une partie du bâtiment d’origine est alors conservé, le reste du monastère étant reconstruit totalement selon le style de l’époque.
L’église fût par la suite rénové a de nombreuse occasion, et en particulier dans le but de construire et d’agrandir le quartier résidentiel du monastère (entre 1861 et 1862). Il a également rendu plusieurs services à la population en servant entre autre d’hopital.
Depuis 1998, cinq sœurs vivent dans le monastère afin de l’entretenir et de continuer à faire vivre ce lieu.
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