C'est en 1532 que Petru Rareș, alors souverrain moldave et passioné d'art, décida d'édifier l'église de Moldovita sur l'emplacement d'une ancienne église érigée par Alexandre le Bon et disparue en raison d'un glissement de terrain. C'est ensuite dès 1537 que l'église fut ornée des peintures de Toma de Suceava. Ces peintures constituent un des joyaux de la Bucovine.
L'ensemble du monastère est recouvert de ces fresques magnifiques mais les plus admirables se trouvent à l'intérieur. Le Ménologe et le Cycle de la Passion nottament méritent une découverte attentive des visiteurs.
L'arbre de Jessé, qui est une représentation de la généalogie du Christ est une thématique très répandue à l'époque médiévale en Europe. La représentation faite au Monastère de Moldovita (tout comme ses voisins de Voronet et Sucevita) est particulièrement intéressante du fait de ses dimensions et de sa compléxité.
La construction est désormais située au centre des fortifications érigées quelques années après l'église. Une quarantaine de religieuses vivent dans le monastère qui conserve ainsi sa vie d'antan tout au long de l'année.